Die Weingärten der Domäne Wachau befinden sich an beiden Seiten entlang der Donau und an den steilen Trockenterrassen der gesamten Wachau. Die Hauptrebsorte in der Domäne Wachau stellt Grüner Veltliner dar. Rund 55% der Fläche machen die mittlerweile auch international anerkannte Spitzen-Weißweinsorte aus. In keinem anderen Weinbaugebiet Österreichs hat aber auch der Riesling einen so hohen Anteil wie in der Wachau, so auch bei der Domäne Wachau mit 18% Flächenanteil. Neuburger ist eine regionale Spezialität - die Domäne Wachau ist das weltweit größte Neuburger-Weingut. Rivaner, Pinot blanc, Chardonnay und Muskateller sind weitere nennenswerte Weißweinsorten. Rotwein verfügt über einen Anteil von etwa 9% - Blauer Zweigelt, St. Laurent und Pinot Noir sind hier als wichtigste roten Rebsorten zu nennen.